菠菜在育苗過程中經常會出現爛根的現象，因此，及時進行農藥防治顯得尤為重要。具體防治措施如下所述：
　　一、控制澆水量在大棚或溫室等保護地育苗時，一般苗床不出現明顯干旱時不要澆水。
　　二、增施有機肥育苗前施入腐熟的雞糞等熱性農家肥，從而提高幼苗抗病能力和苗床土溫，降低幼苗發病率。苗前，在苗床內將腐熟的細碎優質熱性農家肥與床土按5∶1的比例拌勻作為育苗土，苗床內盡量不要施用氮素化肥做底肥。
　　三、注意通風蔬菜幼苗子葉展開后，選擇晴暖天氣揭開覆蓋物通風，并向苗床內均勻撒施一層細干土。這樣既可以降低床土濕度，又可以增溫。